既に見たように「第二次藤原京」（下層条坊後期）は「六八七年」付近で整備が完了したものと見られます。そして、この「宮殿」はその後「礎石建物瓦葺き」へと建て替えられる事となったと思われます。
「掘っ立て柱」に「板葺き」という宮殿形式はすでに旧式であったと思われ、「筑紫宮殿」が「礎石建物」に整備が終了した後「藤原宮」においても同様に整備が行われることとなったものと推量します。
この段階で「持統」から「次代」の」倭国王」への継承が行われたものと見られ、本格的な「首都」として整備が「藤原京」において行われることとなったものと思われます。それに併せ「京師」と「畿内」を新たに設定されることとなったと思われます。
「第二次藤原宮」が「首都」（京師）へと格上げされることに対応する整備により、「内裏」など周辺施設も同様に解体再整備されることとなったものではないでしょうか。
「難波宮殿」は「六八六年」に火災に遭い、その後使用できる状態ではなかった、という指摘もあります。確かに「書紀」にも書かれているとおり、「火災」はあった模様であり、その後発掘された「壁土」の中には、「強い熱」を浴びたと思われるものが含まれていたり、建物の「柱穴」の底から同じように「強い熱」を浴び「焼土」となったものも発見されているなど、「火災」で「焼亡」した、というのは考古学的に証明されているようです。
元々正都「筑紫」と副都「難波」にはそれぞれ別々の人員が確保されていたと考えるべきです。「仮宮」や「行宮」などでは「官人」などもその「天子」（皇帝）の移動に伴って一緒に移動するわけですが、「副都」の場合は主要な人員（体制）は「副都」側にも別に用意されているのが通常です。つまり、多くの場合、複数の要員を確保して「首都」と「副都」に分けて配置する策が取られていたと考えられるわけですが、後に八世紀に入って「大宝令」で規定された「筑紫太宰府」の組織を見ると、たいていの上級官人が「正副二名」体制になっていて、このような体制になっているのは「副都」のための人員の確保のためではないか、と考えられるものです。
ところで、「第二次藤原京」ができた際にも同様に専用の人員が確保されたと見られますが、「白鳳地震」により被害を受けた後、一部については復旧要員として残ったものの、多くは「難波京」と「筑紫宮」にそれぞれ帰還、収容されたと見られます。このような状況の中で「難波宮」が焼亡し、これを放置（放棄）してしまったとすると、この「難波宮」に配置されていた人員の処遇にも困ることでしょう。
つまり、「難波宮」は「部分的」にでも復旧されていたのではないかと考えられますが、それを示すように「続日本紀」に（「文武紀」）「難波宮」への行幸記事があります。
「続日本紀」
「文武三年（六九九）正月癸未廿七。（中略）是日幸難波宮。」
「文武三年（六九九）二月丁未丙戌朔廿二。車駕至自難波宮。」
この時の行幸の目的ははっきりしませんが、「仏陀」の命日である「二月十五日」を挟んでいますから、「涅槃会」あるいは「般若会」を行ったのではないかとも考えられ、「難波宮殿」でそれら「儀典」の類を行なったものと考えられるます。また三週間ほどの長きに亘り滞在していることから、この時点の「難波宮」にそれなりの設備があったと考えざるを得ません。「温泉」に湯治に行っていたわけではありませんから、側近だけではなく、ある程度高官の官人たちも同行していたと考えられ、その間の「執務」や行幸の本来の目的に関する「儀典」などが行われたものと考えると、「難波宮」がある程度「機能」していたと考えざるを得ません。
「難波宮殿火災」の記事にも「唯兵庫職不焚焉。」とあり、「兵庫」とは「武器」の他「儀典」に必要な物品などを収容する倉庫とそれを管理する職掌を指しますから、それらがここにあり、且つそれは無事であったとされているわけであり、「仮復旧」さえできれば、「儀礼」「式典」の類を行うための最低条件は整っていたものと考えられます。
それに関して「難波宮殿」の東方に所在していた、いわゆる「東方官衙」の中に「大規模建物」の遺構があり、それが「威儀、格式」の高い建物の遺構である可能性が指摘されているところからもここは何らかの「宮殿」建物と考えられ、また火災の形跡が確認されていないことからも「難波宮殿」の火災後も「使用可能」であったとみられ、「儀典」などをここで行うことは十分可能であったと思料されます。
ちなみに「後期難波宮」は「前期難波宮」の「回廊」で囲まれた内部（朝庭）に収まるように建てられたと考えられており、このことから焼け残った「前期難波宮」は解体されずそのまま「聖武天皇」の時代まで「保存」されていたとみられます。（誰も長年に亘って使用していなかったと見られますから、いわば「お化け屋敷」状態であったと見られます）
この「六九九年」という時点では「第二次藤原宮」は解体されており、また「第三次藤原宮」はまだ完成していないと言う状況と推察されますから、「儀典」を行えるような規模と格式を両方備えたものは「難波宮」しかなかったと言えるでしょう。
このように「難波宮」がこの時点（六九九年）で使用可能状態になっていたということは、それまでのどこかで「修復作業」が行われたことを意味していると考えられ、「火災」発生直後から余り「日」をおかず、復旧作業に取りかかったのではないかと推量されます。こうして、「倭国」としては「難波宮殿」の最小限度の統治機能回復を急いだものと考えられ、それと平行して「第三次藤原宮」建設計画に着手したのではないでしょうか。
そして、「第三次藤原宮」は「六九五年」段階で「各官衙」が一応の完成を見、後は「大極殿」他の「中枢部」だけという状態となったと見られますが、この時点で「掘立て柱」の建物として「仮」の「大極殿」が造られたと見られ、この時を期して「大化」と改元し、本格的統治の開始となったと思われます。（このように「掘立て柱」で「仮」の「大極殿」を造るのは後の「平城京」でも行なわれていたものであり、それは「藤原京」の方式を踏襲したとも言えるでしょう。）
「木簡」の解析によれば、この時点以降「各諸国」からの「租」や「調」などが「藤原宮」に送られてくるようになったものと見られます。しかし、まだこの段階で「宮域」が未完成です。これ以降「七〇四年」付近まで「回廊」と「大極殿」などの主要建物が順次造られていったものと見られます。
そして、この段階で使用された「瓦」が「藤原宮新段階」というタイプであり、これと並行して「観世音寺」の整備が始められることとなり、そこには「老司Ⅱ式」という「観世音寺創建瓦」のバリエーションタイプの瓦が用いられることとなったものです。
その際に「大宰府政庁」に使用されていた瓦をそのまま使用するのではなく、「観世音寺」の創建時に使用した「笵」をやや改変して再使用したと見られ、そのことは「天智」に対する「思慕」の現れであると同時に、「大宰府政庁Ⅱ期」建設を主導した「薩耶馬」に対する反感でもあったものとみられます。
（この項の作成日 2013/01/13、最終更新 2013/08/13）